L'origine exacte est inconnue, mais il a été confirmé que des coffrets de ce type existaient déjà au Japon à la fin du 18ème siècle ( de nombreux Himitsu-Bako ont été décrits dès le 19ème siècle dans un recueil spécialisé " Puzzle Old and New " ).
Le premier Himitsu-Bako recensé a été conçu par Ryugoro Okawa dans la région de Hakone, au Japon, au milieu du 19ème siècle. Ce type de boîte secrète a été créé à l’origine pour dissimuler aux yeux des voleurs les objets de valeur, tels que bijoux ou pièces de monnaie. Elles ont été conçues à partir de meubles à compartiments secrets et à ouvertures cachées, des commodes qui se verrouillaient grâce à un mécanisme secret, comme les vieux coffres spéciaux, connus depuis la Renaissance.